Seit Inkrafttreten der Bayerischen Gnadenordnung zum 1. Mai 2006,  sind die Generalstaatsanwälte in Bayern in gewissem Umfang zu positiven Gnadenentscheidungen ermächtigt.

Es können insbesondere Freiheitsstrafen von bis zu einem Jahr gnadenweise zur Bewährung ausgesetzt, Geldstrafen von bis zu 180 Tagessätzen bis zu einem Gesamtbetrag von 6000 Euro erlassen oder gerichtlich verhängte Sperrfristen für die Fahrerlaubniserteilung sowie Fahrverbote aufgehoben, beschränkt oder abgekürzt werden.

Im Auftrag des Staatsministeriums der Justiz können die Generalstaatsanwälte darüber hinaus Gnadengesuche ablehnen, die keine zur gutachterlichen Äußerung berufene Stelle befürwortet hat und die sie selbst für aussichtslos halten. In bestimmten Fällen hat sich der Ministerpräsident die alleinige Ausübung des Begnadigungsrechts vorbehalten, zum Beispiel bei lebenslangen Freiheitsstrafen. Im Übrigen darf der Gnadenweg nach dem Prinzip des Vorrangs der gerichtlichen Entscheidung nicht dazu dienen, die nach gesetzlichen Bestimmungen mögliche Anrufung des Gerichts zu ersetzen.